A Rejtek-zsomboly tulajdonképpen nem is az Alsó-hegyen van, hanem annak déli, lankásabb folytatásában, a Kis-fennsíkon nyílik. Szűk bejáratán éppen csak egy ember fér le. A sűrű bokrok között a bejáratot a barlangot jól ismerő kutatóknak is gyakran nehéz megtalálni. Nem is ők fedezték fel, hanem a környék lakói mutatták meg.

A Bódvaszilas és Szögliget községek közötti fennsíkon ez az egyetlen zsomboly. A második világháború vége felé néhány helybéli fiatalember megvizsgálta, hogy alkalmas lenne-e rejtekhely kialakítására. A bedobált kövek nem estek messzire, így néhány összekötözött istráng végét az egyik legény derekára kötötték, majd leengedték a szűk nyílásba. A felfedező nyolc méteres mélységben ért feneket, s ott körülvilágított a száraz gallyakból készített fáklyájával. Egy kis teremben volt, amelynek végén mélység sötétlett. Ide már nem ereszkedtek le, s a barlangot a későbbiekben sem használták búvóhelyként, mégis rajtamaradt a Rejtek elnevezés.

134
A Rejtek-zsomboly izometrikus térképvázlata (Kósa A. nyomán)

A 410 m tszf. magasságban nyíló zsombolyra Zemlényi József bódvaszilasi lakos hívta fel a környéken dolgozó Vörös Meteor barlangkutatóinak a figyelmét. Zemlényi, aki gyermekkora óta ismerte az üreget, 1957-ben Szikra László erdőmérnökkel már 22 m mélységig bejárta a zsombolyt. A Vörös Meteor kutatóinak 1958 karácsonya és az újév között sikerült az alsó terem feltárásával 62,5 m mélységig lehatolniuk, s az akna elszűkülő végpontját is megtalálták. Sokáig mindössze ennyit ismertek a Rejtek-zsombolyból, de 1974-ben a Vörös Meteor Tektonik Csoportjának kutatói - Pelikán István és Balogh László vezetésével - nyílást fedeztek fel az ún. Iker-akna falában. Átbújva a nagyon szűk lyukon, egy magas folyosóba jutottak, a Xilophon-folyosóba, majd újabb ereszkedés következett, s egy magasba nyúló kürtőben találták magukat. Ennek mélypontja már 72 m-rel volt a bejárat alatt.

A Rejtek-zsomboly ugyan tekintélyes mélységű, mégsem méretéről, hanem különlegesen gazdag ásványi képződményeiről nevezetes. Kósa Attila, aki a zsombolyt felmérte, ismertette és ásványtani viszonyaival részletesen foglalkozott, a különleges képződményeket négy csoportra osztotta:

  1. kemény korall és gombaszerű "borsókövek";
  2. cseppkövek;
  3. omlékony korall és gombaszerű "borsókövek";
  4. kristálytűk.
Az 1974. évi újonnan feltárt szakaszon ez a formagazdagság kiegészült még egy, addig soha nem látott képződménnyel, amelynek a furcsa dolomitpor-cseppkő nevet adták. A képződmények aragonittartalma arra enged következtetni, hogy a barlangban egy időben a hévíznek is jelen kellett lennie, amely azonban alacsonyabb hőfokú kevert víz lehetett, minthogy a barlangban jellegzetes hévízes oldási formákat nem lehetett találni. Az aragonit általában 30°C felett válik ki, ez alatt már kalcit. Kiválásának alsó hőfokát bizonyos oldatban levő ionok 20°C-ig leszállíthatják. Ilyen lehet a magnézium, amely feltétlenül jelen volt az egykori barlangi oldatban, miután a bezárókőzet erősen dolomitos. Hasonló szerepet játszhatott a szintén kimutatott stroncium is. Ha a régi akna aljáról a felszín felé haladunk, azt tapasztaljuk, hogy a felszíntől számított 25 m körül a borsókövek mennyisége gyérül, majd 18 m-en el is tűnik. Ezért valószínű, hogy a meleg, illetve a kevert víz a barlang felső szakaszába sohasem jutott el. A bejárat körül sem forráskúp, sem vízfolyás ma nem található, tehát a barlang kialakulásáért nem a lefolyó vizet elnyelő folyamatok, s nem is elsősorban az utólagos melegvizes működés felelős.

Kósa Attila szerint a zsomboly genetikáját illetőleg annyit szűrhetünk le a rendelkezésre álló adatokból, hogy a felszín közeli néhány méter kivételével nem felszakadás okozta a zsombolyjelleg létrejöttét. Valószínűbbnek látszik, hogy a felszínről beszivárgó vizeknek a tektonikus eredetű litoklázisok mentén kifejtett korróziója alakította ki a karsztos üreget, amely azután felszakadással nyílt a felszínre. A hévíz, illetve kevert víz csak az utólagos alakításban és a képződmények létrehozásában játszhatott szerepet.

Az 1974-ben feltárt új szakasz bővebb ismereteket nyújtott a barlang eredetéhez. Kiderült, hogy a zsomboly nemcsak függőleges, hanem vízszintes szakaszból is áll, tehát nem tisztán aknabarlang. Az újabb vizsgálatok szerint (Kósa A. 1976.) a barlang olyan helyen alakult ki, ahol a triász mészkő és a dolomit egymással határosak. A dolomit nem oldódik, hanem porlódik a víz hatására, s az a barlang (repedés) falán apró szemcsékben hull alá. A mindig kissé nedves dolomitpor összetapadva és a fal egyenetlenségeit kihasználva, függönyt alkot. A puha, még növekvő porcseppkövek csaknem tiszta dolomitból állnak, míg a kemény példányok anyaga felerészben mészkő.

A különleges ásványokban gazdag Rejtek-zsombolyt 1978-ben lezárták, és kutatását csak különlegesen indokolt esetben engedélyezik.